Quando, em 1915, este Cristo foi incorporado nas colecções do museu, trazia consigo uma longa história de devoção que a extinção do mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, em que a peça se encontrava, não fez desaparecer.

Apresentavam-se a figura esquelética do Senhor crucificado e seu rosto, desfigurado pelo sofrimento, completamente escurecidos. Por isso os devotos lhe chamavam “negro” o que aumentava a estranheza e favorecia a crença nos seus poderes milagreiros. Havia até quem dissesse que este Cristo viera da Índia, enquanto outros contrapunham a lenda de que D. Afonso Henriques o mandara fazer em acção de graças pela vitória de Ourique.

Exactamente quando e quem o encomendou é um mistério e também se desconhece onde terá sido executado. O registo histórico diz que pertencia ao Oratório de S. João das Donas, anexo ao mosteiro de Santa Cruz, quando este foi reformado por Frei Brás de Braga. As obras conduziram à extinção do convento feminino e, por tal razão, foi o Cristo recolhido pelos crúzios, em 1527.

Como se disse já, a devoção ultrapassou os muros do museu e do tempo. Em 1968, encontrando-se o Chefe do Governo muito doente, e receando-se a sua morte, foi o Cristo Negro pedido para Lisboa.

O museu aproveitou a oportunidade para solicitar ao Instituto José de Figueiredo o tratamento da peça que se encontrava muito danificada e aparentemente prejudicada por um restauro antigo. Feitos estudos prévios, concluiu-se ter o Cristo sofrido três intervenções, em diferentes datas, para consolidação da madeira, muito fragilizada por caruncho e humidade.

Retirou-se a última camada, responsável pela cor negra e forte adulteração dos volumes esculpidos, mantendo-se, todavia, as duas primeiras por serem menos extensas e intrusivas.

O Cristo então ressurgido, na cor próxima do original, revelou-se uma presença esmagadora, no seu dramático realismo. Inclinam-se actualmente os especialistas para que seja obra de um escultor português, embora sem excluir a hipótese de se dever a um estrangeiro. É nas representações do Crucificado da escola alemã trecentista que radica o realismo patético que o Cristo de S. João das Donas exibe. A cruz muito estreita obrigando ao cruzamento das pernas e à flexão do corpo; os pés cravados um sobre o outro, no alinhamento do eixo mediano, e voltados para fora; os braços erguidos em arco e o gesto abençoador das mãos; o tamanho e a forma de atar do perizonium ; a ondulação dos cabelos e da barba são características comuns durante o séc. XIV, numa linha evolutiva com origem no século anterior. Nenhum dos Cristos de madeira, da mesma época atribuídos à produção nacional, iguala a qualidade técnica e estética desta peça.