O acesso sem barreiras físicas a todas as áreas do Museu constituiu uma das maiores preocupações de programadores e projetistas. Apesar de múltiplas e nalguns casos muito grandes (devido à coexistência de construções de diferentes épocas), todas as barreiras foram vencidas, exceto no edifício romano.

O acesso por elevador aos dois pisos do criptopórtico mostrou-se impraticável sem ferir o monumento. As escadarias originais são pouco cómodas. Como se diz na rubrica “a reabertura do criptopórtico”, diversos são os recursos já disponíveis e em construção para dar ao visitante com dificuldades de locomoção, a possibilidade de conhecer esses espaços.

Em termos de acessibilidade intelectual, existe um esforço muito significativo para que o conjunto dos edifícios do Museu e as coleções expostas possam ser compreendidas por todos os visitantes. Uma forte aposta na tridimensionalidade dos objetos de apoio à comunicação oral dirige-se especialmente aos invisuais, mas também às idades em que a perceção táctil é fundamental.